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目前，被朱由检看中并任命为副总督的人只有两个，一个是黄公辅，另一个是顾锡畴。两人都是明末重臣，六十多岁，资历老、战功多，精通兵法谋略，是真正的统帅之才。
黄公辅是万历四十四年进士，曾任监察御史、陕西督师、河南巡抚、湖广总督、兵部侍郎、兵部尚书，率军剿灭湖广、江西、河南数省叛军。历史上明亡后组织义军反清复明，但独力难支，最后兵败**殉节，是一个统帅之才。
在崇祯十五年的时候，眼看崇祯皇帝昏庸、朝廷无能，黄公辅托病辞官，赋闲在家。根据资料查询，朱由检就将这个老帅扒了出来，一纸相召，让他赴京上任，出任大都督府副总督一职。平时就在大都督府专心研究改革后的明军编制、武器、战术，战时赴前线领导大军作战。
顾锡畴年龄比黄公辅低几岁，是万历四十七年进士，性格刚直，是朝中的主战派，力主练兵强国，曾任吏部主事、兵部侍郎、兵部尚书、东阁大学士、浙江都指挥使、浙江巡抚、福建总督、五军都督府右都督，同样战功卓著。因性格太刚，得罪北京朝廷无数大臣，群起攻之，崇祯帝也顶不住，于是将他削职，此时赋闲在家。明亡后在温州起兵反清，却不慎被汉奸、浙江总兵贺君尧派杀手偷袭致死。
朱由检也给顾锡畴下了旨，让他到南京出任大都督府副总督一职，跟黄公辅一起研究新时代下的明军战略战术，以备战时之用。
还有一个副总督，是朱由检的绝对心腹王承恩，他将在大都督府占据一个副总督名额。他不参与议事，但负责安排锦衣卫保护几位总督的人身安全，并向皇帝汇报大都督府的一些决议。这些保护总督们的锦衣卫人选，每一年都会更换一次。实际上，王承恩就是皇帝安插在大都督府，监视军方将领的特务头子。
大都督府之下，再设立平行的总行政部、总参谋部、总后勤部、总装备部、陆军五大军区、海军部、武警总部等部门。
在后世，各大军区都是被军委领导的对象，军区总司令的级别也没有四总部首长高。但是，在朱由检这里，将他们全部平级对待，就是为了弱化大都督府的职权，不能让这个部门凌驾于军区之上。所有的军事要害部门，都是由皇帝直接指挥管理，可以最大限度的掌控军权。
大都督府成立后，南京朝廷与军事相关的所有部门，根据相关职能并入大都督府。
兵部、五军都督府相关部门主要并入总行政部、总参谋部、总后勤部，吏部考察军方高级将领的部门和人员并入总行政部，户部主管军队预算与拨款的部门并入总后勤部，工部的武器研究室、南京兵工厂等部门并入总装备部。
还有其他一切与军队有关的日常管理部门，都从政府那边，合并到直属皇帝的大都督府里面来了。大明朝的军政事务，将进行彻底的分离，互不相关了。
当然，真正互不相关是不可能的。只是平时的日常工作，军队和政府已经不会再互相交叉到一起了。只有皇帝，才有权利对两边都进行管理和指挥。
兵部被并入大都督府，史可法出任大都督府总督，内阁副总理的职务就空缺了出来。作为这几年工部一直锐意改革，发明创造无数，并建立无数国营工厂公司为国库收入做出重大贡献的奖赏，崇祯皇帝直接任命工部尚书刘源济升任内阁副总理的职务，并继续兼任工部尚书。
从此以后，南京内阁所属的六部，就只剩下五部了，分别是吏部、礼部、户部、刑部、工部。“兵部”这一部门就从此消失在明末的历史中，其职能全部被大都督府相关部门所接替。
为了方便军队的专业化管理，朱由检再次对郑成功的军队进行了分割。福州军区总司令的职务由撤销的兵部左侍郎练国事接任，郑成功专职训练管理他的海军部队，成为大都督府海军部部长兼海军总司令。
这个福州陆海军部队的分割，也就是遇到了忠君爱国的郑成功，才能毫无阻碍的执行下去。如果是其他将领，少不得要跟皇帝打一番官司。这就是朱由检当初为何要以暗杀的手段暗杀郑芝龙，将郑成功扶上位的原因。因为，只有郑成功才会那么听话，不折不扣的执行皇帝和朝廷的命令。
大都督府成立以后，朱由检就可以通过大都督府对全国的军队进行指挥和管理了，不用什么事都事必躬亲。
在成立大都督府的过程中，为了报复李自成两次派奸细给自己捣乱的卑鄙做法，朱由检也派了一百多名锦衣卫，作为特工潜入大顺国境内，给李自成捣乱搞破坏去了。
北方，大顺朝廷。
自从兵部尚书李岩统筹派人给大明朝使了两次绊子后，大家就在等着看大明朝的内乱。
但是，事与愿违，别说江南各省的王公贵族叛乱没给大明朝廷造成什么内乱，连席卷云南全省的土司叛乱也没有让大明朝伤筋动骨。
不仅没有伤筋动骨，大明朝还利用快速平定云南土司叛乱的辉煌胜利，用大明新闻报进行大规模的宣传，凝聚了江南各省百姓的民心。这个，就有点出乎大顺朝廷的预料了。
特别是云南土司叛乱，按李岩的谋划，冬季起事，大明朝廷是无法立刻出兵平叛的，只能等待来年春天以后再出兵。如此，就能给起事的土司叛军一个缓冲时间，加强实力，待来年春天再跟明军决战。
没想到，大明朝廷竟然使诈，在报纸上宣扬说他们不会冬季出兵，结果却在腊月三十除夕夜突然出兵平叛。那些起事的土司和叛军将领毫无准备，被打了个措手不及，除夕、春节短短两天，大多数叛军就被明军歼灭了。剩下的叛军也没坚持多久，短短两个月之内纷纷被歼灭。连实力最强、地理位置最险要的沙定洲也在三月二十二日投降了明军。
两次蛊惑大明内部地方势力叛乱的结果，都是被明军迅速扑灭，根本没对明朝造成什么太大的影响。而且，明军在平叛过程中使用的先进武器，威力可比李岩开始认为的要强悍得多了，让他根本无法忽视。
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